[科普中國]-DNA序列數(shù)據(jù)庫

介紹

DNA序列數(shù)據(jù)庫是集合所有已知核酸的核苷酸序列，單核苷酸多態(tài)性、結(jié)構(gòu)、性質(zhì)以及相關(guān)描述，包括它們的科學命名、來源物種分類名稱、參考文獻等信息的資料庫?；蚝突蚪M的資料也包含在DNA序列數(shù)據(jù)庫中。

1、核酸序列數(shù)據(jù)庫

國際三大核酸序列數(shù)據(jù)庫：GenBank, EBML, DDBJ

RefSeq: The Reference Sequence Database

dbEST: Expressed Sequences Tags數(shù)據(jù)庫

UniGene等

2、蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

UniProt (Swiss-prot & TrEMBL, PIR)

3、基因組數(shù)據(jù)庫: Ensembl

常用數(shù)據(jù)庫NCBI主要基因序列數(shù)據(jù)庫GenBank：包含了所有已知的核酸序列和蛋白質(zhì)序列，以及與它們相關(guān)的文獻著作和生物學注釋。其數(shù)據(jù)直接來源于測序工作者提交的序列，為原始數(shù)據(jù)積累的開放數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)可能存在重復以及不準確。

UniGene：對核酸序列數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進行適當處理，剔除冗余部分后，同一基因包括表達序列標簽的序列簇，多用于研究基因的轉(zhuǎn)錄圖譜。

RefSeq：提供非冗余的，高質(zhì)量的，經(jīng)檢驗校正的序列信息；包括染色體、基因組（細胞器、病毒、質(zhì)粒）、蛋白質(zhì)、RNA等。

Entres-Gene數(shù)據(jù)庫序列來源于Refseq數(shù)據(jù)庫；

詳盡的注釋信息，包括基因在基因組的定位，基因名稱、蛋白質(zhì)名稱，基因結(jié)構(gòu)等；

基因的命名主要來自權(quán)威命名委員會的官方符號以及Refseq記錄中的基因名，由NCBI工作人員進行數(shù)據(jù)收集并注釋。NLM的索引部門對基因功能進行闡述。

沿用人類孟德爾遺傳網(wǎng)（OMIM）中的疾病名稱并與NCBI其他數(shù)據(jù)庫形成交互鏈接。

PROSITE收集了生物學有顯著意義的蛋白質(zhì)位點和序列模式；

根據(jù)這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質(zhì)序列應該屬于哪一個蛋白質(zhì)家族；

序列模式包括酶的催化位點、配體結(jié)合位點、與金屬離子結(jié)合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域等。1